物种消失

专家一致认为，乾隆元年时期，移民开发把耕地范围扩张到了山地、丘陵，这是农田垦殖突破传统范围的标志，但同时也是生态环境逐渐萎靡的开始。在森林物种资源方面，一些动物群落不断减少，生物数量乃至物种不断消失。明代川北出没寻常的华南虎消失就是很好的例证。

清初关于虎患的记载有：“直至清初，华南虎在四川分布广泛，说明那时垦殖率还比较低，森林相对茂密。”“西乡县山深林密，经常有老虎出没，清溪、桑园铺等地均有虎食人。”乾隆以来，蜀道沿线各府线仍有虎患，但较清初已经锐减。因此随着移民的涌入，物种消失的进程显著加快。

旱灾频繁

研究发现，大移民以来，地质地貌灾害、旱涝灾害等在四川地区发生得更为频繁。16世纪至17世纪是整个明清时期发生干旱灾害最为频繁的时期，尤其是17世纪盆地东部地区。陈世松等相关专家整合相关的史料时发现，大移民时期是盆地的大旱年份，平均每3年左右就要出现一次。这与《四川历史旱灾表》统计的结论保持了一致：16世纪平均3.3年一次，17世纪平均3年一次，18世纪平均3.7年一次，19世纪平均1.2年一次。